自贸仓和保税仓都是指在特定区域内设置的仓库，用于存储货物并提供相应的贸易服务。它们的主要区别在于其所处的特殊区域不同，以及所提供的服务不同。
自贸仓是指在自由贸易试验区内设立的仓库，主要面向国际贸易企业和跨境电商企业，提供货物存储、分类、配送、加工等一系列服务。自贸仓可以享受特殊的政策和税收优惠，例如免征关税、增值税和消费税等。
保税仓是指在海关监管下，为进口货物提供存储、加工、检验、维修等服务的仓库。在保税仓库储存的进口商品,在进口商品正式进入国内市场前,可以暂不支付关税和进口环节增值税等税收。其目的主要是使企业能够更方便的跨境贸易,减少资金占用和财务费用。
自贸仓和保税仓都是国内在对外开放和促进国际贸易的背景下引入的新型贸易管理模式。虽然这两种仓库都可以作为外商投资企业进行货物出口的通关渠道，但它们有一些显著的区别。
1. 税收政策不同：自贸仓企业在货物存储、销售过程中，在符合某些条件的情况下可享受关税减免或方便通关等优惠政策；而保税仓企业则在货物未出保税区前不需要缴纳进口关税和增值税，且出口退税政策也有所不同。
2. 功能不同：自贸仓主要提供货物存储、包装、配送、展示、检验检疫等服务，同时作为内陆自贸区一部分，实现货物自由流通；而保税仓则更注重在货物进口后进行加工、组装、混装、贸易等价值创造和协调。
3. 使用对象不同：自贸仓在自由贸易试验区设立，面向各类跨境电商、进口商品供应链企业，主要提供零售、批发和物流配送服务；而保税仓则面向加工贸易、保税展示贸易等领域，其服务对象主要为外商投资企业和相关产业链企业。
综上所述，自贸仓和保税仓有着各自的特点和应用范围，企业在选择合适的进口、出口通关方式时，需要根据实际需求和条件进行权衡比较，选择适合自己的通关模式。
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